Университет относится к небольшому количеству медицинских вузов, которые имеют в составе собственную клинику. Созданная в 1992 году на базе Челябинской городской клинической больницы № 7 (бывшая медсанчасть треста «Челябметаллургстрой»), клиника ФГБОУ ВО ЮУГМУ Минздрава России сейчас является современным многопрофильным медицинским учреждением третьего уровня с профессиональным коллективом. Виды и профили оказываемой медицинской помощи соответствуют действующим лицензиям.
В клинику ЮУГМУ госпитализируются пациенты по направлениям из медицинских организаций 21 региона Российской Федерации.
Лечение пациентов, обратившихся в клинику, организовано в соответствии с клиническими протоколами, стандартами оказания специализированной, в том числе высокотехнологичной, медицинской помощи, а также в рамках протоколов клинических апробаций. Это позволяет оказывать медицинскую помощь пациентам, соблюдая требования обеспечения качества и безопасности.
Организованы выезды специалистов клиники в медицинские организации других субъектов Российской Федерации, граничащих с Челябинской областью. О готовности принять больных, проживающих за пределами области, информированы органы управления здравоохранением субъектов Уральского федерального округа.
Миссия клиники ФГБОУ ВО ЮУГМУ Минздрава России заключается в восстановлении и сохранении здоровья пациентов с использованием высоких медицинских технологий, проявлением профессионализма, заботы и милосердия.