История становления и развития отдела научной и инновационной деятельности начинается с первых лет создания Челябинского медицинского института после отъезда Киевского медицинского института в 1944 г. В Челябинске остались работать 147 преподавателей, в том числе 7 докторов и 31 кандидат медицинских наук, 6 человек имели звание профессоров, 5 человек - звание доцентов. В медицинском институте в этот период обучались 1725 студентов и 10 аспирантов. Организацией научных исследований, обучением аспирантов занимались в те годы заместители директора вуза по учебной и научной работе: профессор, зав. кафедрой глазных болезней Кацнельсон А.Б. (1944-1947 гг.), зам. директора по научной работе профессор, зав. кафедрой факультетской хирургии Корабельников И. Д. (1947-1949 гг.), зам. директора института по учебной и научной работе, профессор, зав. кафедрой госпитальной терапии Лукомский П.Е. (1949-1950 гг.), профессор, зав. кафедрой фармакологии Мещерская К.А. (1950-1952 гг.), профессор, зав. кафедрой микробиологии Клемпарская Н.Н.(1952-1953 гг.), профессор, зав. кафедрой ЛОР-болезней Миньковский А.Х. (1953-1956 гг. – зам. директора по учебной и научной работе, а 1956-1960 гг. зам. директора по научной работе).
Дольше всех (с 1960 по 1986 гг.) заместителем директора, а потом и проректором по научной работе был профессор Лев Яковлевич Эберт. За эти годы проблемы здоровья населения области находили отражение в направлениях научных исследований ученых института. Проректором по научной работе составлялись комплексные межведомственные программы, перспективные и ежегодные планы научных исследований. В 1986 году на этом посту Льва Яковлевича сменил профессор, зав. кафедрой нормальной анатомии Турыгин В.В. Он возглавлял научную работу института, а с 1995 года академии, до 2005 года.
С 2005 по 2010 гг. проректором по научной работе стал профессор, заведующий кафедрой анатомии человека Куренков Е.Л. С 2010 года по настоящее время проректором по научной работе и международным связям, а с 2013 г. проректором по научной, инновационной и международной работе является профессор Л.Ф. Телешева. Годы ее руководства наукой совпали с присвоением вузу статуса университета, необходимостью увеличения научного потенциала учебного заведения и реорганизацией управления научной и инновационной деятельностью коллектива.
За годы существования института (академии, университета) значительно увеличился и вырос научный уровень профессорско-преподавательского состава. Если в 1944 году было всего 7 докторов наук (6 профессоров) и 31 кандидат наук, в 1960 году – 11 докторов и 33 кандидата наук, в 1994 году – 34 доктора и 186 кандидатов наук, в 2012 году – 109 докторов и 316 кандидатов.
До 70-х годов ХХ века организацией обучения аспирантов, организацией научных исследований занимались сами проректора по научной работе, поручая печатные работы своим секретарям.
В 60-е годы помощником проректора по научной работе по ведению дел аспирантов, а их было в те году от 10 до 20 человек, стала Евгения Николаевна Павленко, которая одновременно выполняла обязанности секретаря Ученого Совета института. Кстати, она в то время была единственным сотрудником научной части, выполняя обязанности Ученого секретаря совета. Защиты диссертаций сотрудников института по разным специальностям проходили на заседаниях Ученого совета. Ученым секретарем до 1987 г. была профессор, зав. кафедрой гистологии и эмбриологии М.А. Калугина.
С 1973 года МЗ РСФСР ввело новую форму планов и отчетов, и Л.Я. Эберт пригласил в научную часть канд. мед. наук Тарасову И.С., которая работала здесь 39 лет по совместительству, являясь ассистентом кафедры гистологии, затем старшим преподавателем и доцентом кафедры общественного здоровья и здравоохранения. Инна Сергеевна внесла большой вклад в организацию научной работы в нашем вузе, оказывала консультативную поддержку всем сотрудникам, выполнявшим кандидатские и докторские диссертации. В эти же годы в связи с увеличением количества аспирантов и ординаторов была введена должность заведующего аспирантурой и ординатурой. На эту должность была принята Гарбузенко В.Д., которая вела все дела аспирантов и ординаторов института. Она проработала в научной части до 1983 года. На этой должности ее сменила бывшая заведующая канцелярией института Акимова Т.Т., которая в соответствии с новым положением об аспирантуре, внесла много нового в организацию обучения и подготовки аспирантов.
С 2002 по 2012 гг. заведующей аспирантурой была Михайлова Н.В., а в 2012 году в связи с реорганизацией управления научной работой академии, получившей статус университета, был создан отдел научной и инновационной работы. Руководителем отдела был назначен доктор медицинских наук, профессор, научный руководитель студенческого научного общества Осиков М.В.