На заседании Ученого совета ГОУ ВПО ЧелГМА Росздрава 25.04.2008 года был заслушан доклад профессора Колесникова Олега Леонидовича на тему "О начале работы по организации системы менеджмента качества" и принято решение о создании системы менеджмента качества в академии.
Приказом ректора от 01.12.2008 №1187- л в университете был создан отдел менеджмента качества. Начальником отдела был назначен Олег Леонидович Колесников.
Приказом ректора от 29.12.2008 назначен представитель руководства по качеству - проректор по учебной работе, внеучебной и воспитательной работе профессор Волчегорский Илья Анатольевич.
Для сотрудников университета были проведены обучающие семинары по разработке СМК. С февраля 2009 года началась разработка документов СМК .В подразделениях были назначены ответственные по качеству.
В ноябре 2009 года прошел обучающий семинар для внутренних аудиторов. Приказом ректора были назначены внутренние аудиторы. В мае 2010 года были проведены первые внутренние аудиты на 10 кафедрах.
В декабре 2010 года экспертами "ПРОНАП-ТЕХНО" в университете был проведен первый внешний аудит, по результатам которого получен сертификат соответствия СМК.
В сентябре 2011 года был проведен открытый конкурс на право проведение сертификации СМК академии на соответствие требованиям ISO 9001:2008. По результат конкурса был заключен государственный контракт с ООО "Русский Регистр - Уральское Качество". В октябре 2011 года был проведен 1 этап - предварительный аудит СМК академии и установлены сроки проведения 2 этапа - 16-17 ноября 2011 года. По результата 2 этапа было принято решение о соответствии СМК академии требованиям ISO 9001:2008 выдаче сертификата.
29-30 ноября 2011 года был проведен первый наблюдательный (инспекционный) аудит СМК академии на соответствие требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2008, по результатам которого была дана положительная оценка СМК академии и принято решение о подтверждении действия сертификата.