История ЮУГМУ началась 1 июля 1944 года, когда в Челябинске в соответствии с приказом Наркомздрава СССР от 29 июня 1944 года было открыто новое высшее учебное заведение — Челябинский медицинский институт (на базе реэвакуированного Киевского медицинского института).
Сегодня Южно-Уральский государственный медицинский университет - крупнейший научно-клинический центр Урала, осуществляющий подготовку медицинских и фармацевтических кадров на всех уровнях профессионального образования и оказывающим медицинскую, в том числе высокотехнологичную, помощь в амбулаторных и стационарных условиях. За 80 лет Университетом подготовлено более 30000 специалистов с высшим образованием и более 2000 специалистов со средним профессиональным образованием.
Высшее образование в Университете представлено программами специалитета, программами ординатуры, программами подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре. Специалитет включает 6 специальностей, ординатура - 66 специальностей. Подготовка в аспирантуре ведется по 51 программе.
С 2020 года в Университете осуществляется прием на билингвальное обучение по специальности 31.05.01 Лечебное дело, а с 2023 года – по специальности 31.05.03 Стоматология для студентов из стран дальнего зарубежья.
С 1999 году в ЮУГМУ функционирует медицинский колледж с дневной и вечерней формами обучения по специальностям: «лечебное дело», «сестринское дело», «акушерское дело», «фармация», «лабораторная диагностика». В настоящее время в рамках программы «Академическая мобильность» налажены связи с образовательными учреждениями не только России, но и странами СНГ. За время работы в колледже подготовлено свыше 2500 специалистов.
Обучающиеся Университета представляют 55 регионов Российской Федерации, 17 стран ближнего и дальнего зарубежья. Реализацию образовательных программ всех уровней осуществляют 672 работника, среди которых 1 академик РАН, 3 Заслуженных деятеля науки Российской Федерации, 2 имеют звание «Заслуженный работник здравоохранения Российской Федерации», 7 имеют звание «Заслуженный врач Российской Федерации». На базе Университета действуют 4 диссертационных совета.
Одним из первых в стране в Университете был создан симуляционный центр. В 2022 году он был переименован в федеральный аккредитационный центр, на базе которого обучающиеся проходят практическую подготовку, а выпускники Университета и специалисты со всей России – первичную и первичную специализированную аккредитацию по 77 специальностям.
В Институте дополнительного профессионального образования реализуются программы дополнительного образования по профилю основных профессиональных образовательных программ вуза: повышение квалификации на циклах общего и тематического усовершенствования с приемом квалификационного экзамена; профессиональная переподготовка по длительным (свыше 500 учебных часов) программам по 65 специальностям; обучение в форме стажировки на рабочем месте; специализация и усовершенствование специалистов со средним медицинским образованием.
Практическая подготовка студентов ведется на базе 225 медицинских и фармацевтических организаций Челябинска, городов Челябинской, Курганской, Свердловской областей, а также Республики Башкортостан.
Ежегодно Университетом проводятся более 50 международных и всероссийских научных и научно-практических конференций, в которых принимает участие более 1500 человек.
Исследовательская инфраструктура Университета представлена институтом пульмонологии, центральной научно-исследовательской лабораторией (ЦНИЛ) и научно-исследовательским институтом иммунологии, располагающими широким набором научного, в том числе клинического, оборудования. В экспериментально-биологической клинике (виварий) выполняются экспериментальные исследования и проводятся практические занятия по медико-биологическим дисциплинам.
Университет располагает собственной многопрофильной клиникой – медицинской организацией третьего уровня оказания медицинской помощи. Она является ведущей клинической и научно-исследовательской базой. В оказании медицинской помощи пациентам клиники принимает участие профессорско-преподавательский состав Университета. В работе клиники используются новейшие достижения современной науки и персонализированной медицины. В рамках федерального проекта «Борьба с онкологическими заболеваниями» с 2020 года на базе клиники функционирует референс-центр иммуногистохимических, патоморфологических и лучевых методов исследований.
Для профессионально-личностного формирования будущих специалистов в Университете эффективно действуют объединения обучающихся по направлениям внеучебной деятельности (наука, студенческое самоуправление, спорт, экология, волонтерство, творчество).
Университет развивает программы профессионального и исследовательского обмена студентов Национального Союза Студентов-Медиков совместно с Международной Федерацией Ассоциаций Студентов-Медиков (IFMSA), аккредитованной при Всемирной организации здравоохранения. Организация международных студенческих обменов проводится по программам международных студенческих исследовательских и клинических стажировок IFMSA.
С 2017 года Университет является базой Челябинского регионального отделения Всероссийской общественной организации «Волонтеры-медики», а в 2022 году создан волонтерский центр «Пульс». Обучающиеся принимают активное участие в реализации Федерального проекта «Добро в село». Силами волонтеров проводятся информационно-профилактические акции среди населения. Также Университет выступает площадкой для проведения ежегодного регионального чемпионата профессионального мастерства среди людей с инвалидностью «Абилимпикс – Южный Урал» по компетенции «Медицинский и социальный уход».
Университет является участником проекта «Межуниверситетский кампус мирового уровня в Челябинской области». Совместно с технологическими партнерами Университетом запланировано размещение на его территории трех современных лабораторий, а также реализация двух сетевых образовательных программ в области стоматологии.
С 2015 года совместно с Уральским государственным медицинским университетом и Тюменским государственным медицинским университетом ЮУГМУ входит в состав Уральского научно-образовательного медицинского кластера, координирующего медицинское и фармацевтическое образование на территории Уральского федерального округа. С целью развития межрегионального взаимодействия в 2023 году Университет стал членом консорциума цифровых медицинских университетов, научно-образовательного консорциума в сфере медицины и химико-фармацевтического научно-образовательного медицинского кластера.